Le président du Conseil des Eglises du Cameroun est le principal responsable qui est chargé de cordonner toute l’organisation. Il est pasteur de l’une des 11 Eglises membre du CEPCA.
Le Comité Exécutif du CEPCA est l’organe permanent de gestion et d’exécution des résolutions de l’Assemblée Générale du CEPCA.
Le Comité Exécutif est composé des membres avec droit de vote et des membres sans droit de vote.
1) Membres avec droit de vote :
- Président du CEPCA
- Deux vice-présidents
- Secrétaire Général du CEPCA
- Tous les Chefs d’Eglises membres du CEPCA
2) Membres Consultatifs avec droit de parole, sans droit de vote.
- Tous les Chefs de Départements, Secrétaire Exécutifs.
- Les Invités et les Personnes Ressources.
Les missions, la composition et les mécanismes de fonctionnement de chacune de ces structures sont décrits dans les Statuts et Règlement Intérieur du CEPCA. Le schéma opérationnel des structures de coordination est présenté ci-après.